Amigo, no te lo tomes a mal pero si no tienes un buen conocimiento de las etiquetas de HTML no te vayas todavía para el SEO, cuando tengas un sitio bien estructurado tendrás la mitad del trabajo SEO. Un código no es suficiente para posicionar una página.
Ahora, la etiqueta h1 es para encabezados, y por ende debe ir en el contenido, claro que se va a mostrar, ya que si no no es contenido (ocultar el h1 podría ser tomado como Black Hat SEO y eso google te lo puede penalizar).
Saludos
