Bueno si quieres opcion de Si o no usa Radio Buttons como lo describe Sherly pero si lo que quieres es un checkbox seria algo asi:
Código PHP:
<?= $row["nombre_del_alumno"];?><input type="checkbox" name="asistencia" id="alumno_<?= $row["id_alumno"];?>" value="<?= $row["id_alumno"];?>"/>