Yo no tuve problemas con lo de las sesiones, mira este ejemplo
Código PHP:
Ver original<?php
$_SESSION["foo"][] = "bar1";
$_SESSION["foo"][] = "bar2";
$_SESSION["foo"][] = "bar3";
$_SESSION["foo"][] = "bar4";
$_SESSION["foo"][] = "bar5";
$_SESSION["foo"][] = "bar6";
$_SESSION["foo"][] = "bar7";
echo "<br /><br />";
unset($_SESSION["algo"][0]);
Debe ser algo que estas haciendo en el código que no hace lo que deseas.