Paginación rota si uso query_posts();

[Apollo]

Cuando pongo ese código me duplica los posts, me salen dos veces el mismo, esto es porque ya automáticamente query_posts genera una impresión por pantalla de los posts según he comprobado y dentro del bucle le estamos diciendo que lo imprima otra vez.

Por lo menos a mí me pasa, con query_posts sin nada ya lo imprime y funciona la paginación, el problema es que me lo imprime con el html que le da la gana y me gustaría hacer lo que se hace en el bucle pero sin duplicación.

Con wp_query lo he intentado pero la paginación no funciona.

Me echáis una mano?