webmaster tools y dominio preferido por demostrar

[elquique]

Creo que son varias cosas diferente:

1) un sitio verificado se desverifica, debes volver a hacerlo :( (como dice Emirodgar, no se porque pasa eso, pero pasa !!! grgrgr)

2) para evitar que indexe con o sin www, o mejor dicho de las dos formas, debes tener si o si una redirección 301

3) antes con verificar una forma bastaba, ahora exigen que si diste de alta el dominio como www tal cosa com cosa al especificar el uso o no de www, te pide que demuestres que también sos el propietario del dominio sin www, esto sucede por el caso de subdominios ;). En ese caso debes dar de alta el dominio sin www (de nuevo) y ahí demuestras.

4) otra cosa es que a veces cuando usas mod_rewrite la verificación por archivo no la comprende, por eso debes usar si o si la verificación por meta tag

Más o menos esas son las cosas que recuerdo me suceden frecuentemente con este tema :)