¿Que tiene que ver SAMBA con servidores web y php?
¿A que le llamas "complementos del root", cuales son los nombres de esos paquetes / "complementos"?
¿Desde dónde deseas ejecutar / hacer lo que planeas?
¿Estás en la misma pc o estas hablando de conectarte a un servidor remoto con Ubuntu instalado?
¿Ya instalaste mapserver?
¿Cómo lo instalaste?
¿Lo que llamas "DOC.php de mapserver" es el
MapScript php de mapserver o es tu propia aplicación php?
¿Leiste la
documentación de mapserver?