Ser root es seguro, hasta que te pasa por primera vez que eliminas algo del sistema sin posibilidad de recuperación
Es cierto que algunos programas se rehúsan a ejecutarse como "root", aunque esto siempre me ha parecido una tontería (¿es tan difícil creer que sé lo que estoy haciendo?).
Se supone no ser root hace al sistema más seguro, ya que un programa tiene limitadas sus posibilidades. Pero en la situación actual en la que la mayoría del "malware" se dedica a robar datos más que a eliminar información, ser un usuario limitado no ayuda en nada: bien puede copiarse el programa en una carpeta del usuario y ejecutarse desde .kde/Autostart o desde /tmp
Lo que quiero decir es que no ser root es solamente un eslabón más en la cadena de seguridad, si es el único paso que tomas en realidad la diferencia entre ser o no ser root es ínfima.
Saludos.