Hola meteo8va:
Cuando quieres abrir un popup, debes abrirlo en ventanas distintas, y eso lo consigues con el segundo parámetro del método open... (y si estás en un sistema de marcos, no debe coincidir con el nombre de ninguno de los marcos, porque se abriría en él)
unaVentana = window.open("ventana1.html", "ventana1", "");
unaVentana = window.open("ventana2.html", "ventana2", "");
Espero que te sirva...
Saludos
