Con samba puedes especificar que usuarios tienen acceso a cada recurso compartido, No es tan simple como que cambies los permisos chmod de los directorios.
Creo que
estos apuntes y
estos otros pueden ayudarte con la configuración correcta de samba.
Respecto a copiar los archivos, sin entorno gráfico necesitarás smbfs (no se si así se llama el paquete en Centos), montar el recurso compartido con smbmount y simplemente copiar a la carpeta de respaldo con cp. Con entrono gráfico Gnome, puedes montar los recursos compartidos con Nautilus y simplemente arrastrarlos a la carpeta de respaldos.