Fondo transparente o logo en sí transparente?
Fondo transparente
en photoshop, menú imagen + modo + seleccioná Rgb.
http://img534.imageshack.us/i/transparencia.png/
desbloqueá la capa del logo haciendo doble click sobre ella.
Con la varita mágica seleccioná el fondo blanco y borralo. Si tenés versiones nuevas de photoshop con el borrador mágico seleccionando el blanco lo borra todo
http://img697.imageshack.us/i/modophotoshop.png/ Imagen transparente
simplemente bajale la opacidad, como dijo Hugo Jr.
otra idea para fondo transparente es mover el fondo a una nueva capa y bajarle la opacidad.
Ojalá te sirva mi aporte
Saludos!!