Hola,
Pues no ... la instalación de ImageMagick hace todo lo necesario para ejecutarse.
Código PHP:
<?php
$image_magick_path = '"C:\\Archivos de programa\\ImageMagick-6.4.4-Q16\\convert.exe"';
$path_to_files = 'C:\\WINDOWS\\Temp\\';
$input_file = $path_to_files . 'Susan_Constant_by_Radojavor.jpg';
$output_file = $path_to_files . 'Susan_Constant_by_Radojavor.png';
$command = '-resize 1200x960 -bordercolor white -border 2 ( +clone -background black -shadow 60x4+5+5 ) +swap -background none -layers merge +repage';
exec ("$image_magick_path $input_file $command $output_file");
echo ("$image_magick_path $input_file $command $output_file");
?>
Los PATH a todos los documentos que tengan espacios en el nombre deben ir entre " ". Por ejemplo $image_magick_path = comilla simple + comilla doble. Los directorios donde vas a leer y guardar las imágenes tiene que tener permisos de escritura y lectura. Normalmente en Windows el directorio C:\WINDOWS\Temp tiene permisos de escritura ... es donde guarda los archivos PHP cuando se suben.
De allí todo funciona perfecto ... inclusive con mis imágenes que no pude abrir con GD, que por cierto todavía las tengo guardadas, y todavía GD genera el mismo error que mostraste, pero ImageMagick no.
Tengo Apache/2.2.14 (Win32) PHP/5.2.11 ImageMagick-6.4.4-Q16
Saludos,
ps:
Si vas a subir esto a un servidor Linux, es adecuado que averigües con antelación si tienen instalado ImageMagick.