Me refiero a que si en el código de tu web tienes puestos ahora los enlaces así:
<a href="http://miweb.com/index.php?modulo=inicio">Enlace</a>
Entonces los tienes que cambiar, a mano, a algo así:
<a href="http://miweb.com/inicio.html">Enlace</a>
De esta forma, al pinchar cualquier enlace de tu web, irá a una página .html
Como esa página no existe (siguen siendo archivos .php), tienes que usar el .htaccess que pusiste para que el servidor interprete la página correctamente.