Código:
onclick=llama_familias("familias","'.$select_familias1["fam_codi"].'","'.urlencode($select_familias1["fam_descrip"]).'");
lo primero que veo es que no estas definiendo las comillas del atributo onclick. y por lo general, cuando no se incluye las comillas el navegador asume que el valor del atributo llega hasta el primer espacio que encuentre. segundo, si usas urlencode creo que no tendra mucho sentido en este caso porque urlencode transforma el string a un formato que se pueda pasar por la URL. en este caso, no me parece que eso es lo que quieres. la razon de las eñes, no tengo idea porque realmente no trabajo de lado servidor. lo que se me ocurre es primero verificar si el texto de la BD esta correctamente almacenado. y segundo, la codificacion de los contenidos. lamento no poder abundar mucho.