Ya que hayas visto la línea de tiempo puedes guardar tu espacio de trabajo (workspace), para ahorrarte tiempo y facilitarte el trabajo. Sólo decide que ventanas vas a dejar activas. Yo uso el Flash CS3, pero el MX también debe traer esta opción.
Puedes acomodar las ventanas a tu gusto y antojo en toda la pantalla; las ventanas que yo uso son: Izquierda: Tools; Arriba: Timeline; Derecha: History, Swatches, Color; Library, Scene, Components; Abajo: Properties, Actions, Help, Filters, Parameters.
Una vez acomodado tu escenario tal como se te haga más cómodo te vas a: Window/Workspace/Save current y le das un nombre; la próxima ves que entres a trabajar con el Flash, si no está como lo dejaste anteriormente solo vete ahí mismo y busca el Workspace que guardaste con tu nombre. Saludos, espero te sea de ayuda.