Si, es solo por nombre el ordenamiento.
Gracias por la ayuda, no utilicé lo que me indicaron, pero si me sirvió mucho para llegar a la solución.
Jurena, no entendí lo de no publicar código PHP y solo de base de datos. Publiqué la función completa, para que se pudiera apreciar todo el entorno que rodea la consulta.
La forma en la que lo solucioné fue:
SELECT nombre
FROM categorias
WHERE id IN (
SELECT DISTINCT categoria
FROM datos)
ORDER BY nombre ASC
El problema radicaba en que el valor del $id no es del tipo 1,3,5, es decir una serie separada por comas, sino que son valores individuales porque son el resultado de otra consulta de otra función, pero todo se resolvió gracias a una subconsulta.
Gracias por la ayuda.
Saludos