Podrias utilizar un array, o simplemente una variable, donde guardes el ID, por que no el mismo objeto?, luego a la hora de visualizar una capa, al inicio ejecutas un checkeo de la variable, y ocultas la/s capa/s de la variable
Código Javascript
:
Ver originalvar Win;
function mostrar()
{
if(Win!=null)
Win.style.display="none";
// aqui el resto del codigo...
Win=nuevaVentanaQueHasMostrado;
}
saludos