Ok, .. Ahora hay dos formas de hacerlo ..
1) guardas el LINK de la ubicación de ese .PDF en un campo tipo VARCHAR por ejemplo de tu BD ..
2) Guardas el .pdf entero en formato binario en tu BD (en un campo tipo BLOD) ..
De todo esto ya expliqué los pro y contras de cada sistema .. Decidete y se te orienta (y si usas el buscador de los foros mejor .. pues se suele tratar de vez en cuando el tema ..)
El caso es que da igual si es un PDF .. un .DOC .. una imagen o lo que sea .. La técnica es igual .. se compone de dos partes:
1) Hacer el Upload del archivo (sea cual sea su extension)
http://www.php.net/manual/en/features.file-upload.php
2) Al "subir" tu archivo tendras a tu disposicion (en cierta variable/array) las propiedades del archivo que has subido. En tu BD guardas (opcional) el formato MIME que es el archivo (eso lo obtienes los arrays $_FILE[][] y sus propiedades o bien en modo asumiendo globales $archivo_propiedad ... Así mismo tienes cosas como el nombre, tamaño (peso en bytes) y algo mas ..
De ahí (del punto 2) ya depende de la opción que escojas .. O bien se hace un "move_uploaded_file()" y te guardas la ruta en tu BD (en el campo destinado para ello) .. O lees el archivo subido y lo guardas en tu campo "BLOD" de tu BD ...
Un saludo,