Rarisimo. Elimine esta subcadena "/MeshRepository/", que por cierto no se por qué se agrega a mi ruta. Y agregué "../" en su lugar. Y funciona. No entiendo por què.
Cita: $raiz = str_replace("/MeshRepository/", "", $_GET['folder']);
$raiz = "../".$raiz;
Este problema va mas allá de rutas relativas y absolutas. No lo entiendo. Pero al menos logré solucionarlo.