Cita: Cuando rellene la tabla tengo que llenar primero ALIMENTO, luego COMIDA y luego en la tabla COMIDA_ALIMENTO, no tendré muchos duplicados?
No, proque precisamente para eso estas normalizando y haciendo tu tabla de comida_alimentos que es tu tabla transitiva entre tu tabla comida y tu tabla alimentos
Cita: Otra cosilla, si quisiera hacer una consulta en la cual me trajera la tabla comida y los alimentos que tienen estas comidas asociados, ¿cómo podría hacer la consulta?
tu tabla comida_alimentos precisamente es la que te da esa información, solo que te la regresa únicamente con los id's de las dos tablas, por lo que podrías utilizar un JOIN para generar la consulta y saber exactamente los nombres que corresponden
Espero te sirva, si no, aqui andamos para echarle monton y ayudarte