Ok. Resuelto.
Firefox no declara el envio de mis variables en scriptData pero las recibo. Y son POST por default, siendo que en la antigua version eran GET. Asi que me marearon un poco.
Cita: $("#go").click(function(){
nombre = $('#nombre').val();
autor = $('#autor').val();
$('#fileUpload').uploadifySettings('scriptData', {'nombre': nombre,"autor":autor});
$('#fileUpload').uploadifyUpload();
});