Lo esencial en tu problema es que jamás debes trabajar versiones diferentes en un servidor de trabajo que en las máquinas de desarrollo (trata de imaginar lo que sería programar en VS2003 para luego querer compilarlo en VS2008).
Por lo pronto, eso es una decisión de administrador del sistema y de arquitecto de datos.
- ¿Qué impacto causaría un downgrade de server de MySQL? ¿Puede traer complicaciones?
- ¿Qué mejoras te aporta un upgrade a las máquinas de desarrollo? ¿Te proveerá de mejoras de rendimiento? ¿Generará obsolecencia crítica en las aplicaciones?
No hay un criterio único. Debes resolver lo que mejor escenario te plantee.
Por lo demás, los manaules dicen cómo realizar el upgrade:
2.4.1. Upgrading MySQL