Aprendiz22. Primero que nada Bienvenido.
Este post tiene por lo menos 3 años de viejo. El problema seguramente es otro. Ya a estas alturas no tienes que preocuparte por un script para internet explorer 6. El que se utiliza casi en todos lados es el 7 y el 8.
Si tu transparencia no se vé probablemente es por cuestión del archivo.
Si sí la ves en Firefox, y de todos modos quieres usar el script para navegadores arcaicos, el script simplemente va en el header de la página que tenga ese png.