Acceso denegados al borrar carpetas.

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Dependiendo del S.O. usado, es una cuestión de permisos y de seguridad de sistema:
Primero, no puedes borrar arbitrariamente cualquier cosa en una red sin ser un usuario con permisos par atales cosas.
En segundo lugar, esas carpetas son componentes de sistema, ya que pertenecen a un usuario y como tal están protegidas con atributos de sistema.
En tercer lugar, no se borran carpetas que no estén vacías ni carpetas que estén protegidas, como suele ser el caso de las carpetas de administración de usuario (las que mencionas), ya que puede haber archivos abiertos que tu no veas, o archivos temporales declarados en ellas.

Si, por ejemplo, quisieses borrar una carpeta que estuvieses viendo en otra ventana, no podrías, ya que en el momento de estar abierta esa carpeta está protegida. Al menos hasta que se cierre.

Tu problema fundamental es que debes tener en cuenta que en una red, hay ciertas cosas que un usuario no Administrador no puede ni debe hacer.

Piensa esto y verás la razón final: Lo que tu aplicación debe hacer es exactamente el tipo de acciones que realizan los virus. ¿Tu dejarías, como SysAdmin, que una aplicación de terceros hiciera eso libremente?