Buenas,
Porque no lo marcas directamente desde PHP? Tan solo tienes que escribir el tag con las propiedades que quieres si se tiene que marcar y sin propiedades (o con otras) si no se tiene que marcar? Aunque esto sólo te lo recomiendo si el cambio de mes lo haces con PHP. Si es con JS, efectivamente, lo que yo haría sería pasar un array y comprobar las fechas.
EDITO: Para hacer el array, lo puedes hacer desde PHP:
Código PHP:
Ver original<?php
echo 'var diasMarcados = new Array();';
foreach( $diasAMarcar as $dia ) echo 'diasMarcados.push( "'.$dia.'" );';
?>
Saludos