Seguramente estas asignando una posición absoluta al submenú. Trata de crear un menú del tipo:
<ul id="menu">
<li id="item1">item1</li>
<li id="item2">item2</li>
<li id="item3">item3
<ul id="submenu">
<li id="subitem1">subitem1</li>
</ul>
</li>
</ul>
y luego haz ocultar/aparecer con display:none; y getElementById:
<style> #submenu {display:none;}</style>
ej:
... <li id="item3" onclick="getElementById('submenu').style.display=' block';"> ...
... <li id="subitem1" onclick="getElementById('submenu').style.display=' none';"> ...
Para colocar tu item de submenú a tu antojo, puedes utilizar display inline o block o posiciones relativas, en vez de posiciones absolutas.
Si, en cambio, prefieres utilizar solo css, en
www.araudi.net podrás encontrar buenos menús desplegables.
Saludos!