Pues eso es lo que te decia
Si usas FileZilla, mejor me lo pones, selecciona todos los archivos y súbelos. Tardará lo que tarde pero te evitas tantos problemas tontos! No tienes que subirlos tu uno a uno, tu seleccionalos y dale a subir! Es más, si me apuras, puedes ir un directorio arriba y subir toda la carpeta entera donde tienes esos archivos!
Saludos