Hola, podes exportar en vegas (.avi, mpeg etc) despues usar format factory (para pasar a .flv)le das google y listo y creo que es gratis

Tambien el Sony Vegas Movie Studio Platinum Edition Pro v9.0a importa flv sin problemas y hace un monton de cosas mas, si podrias adquirirlo la verdad te ahorrara un monton de dramas!