Como optimizar el algoritmo de encriptacion

[williamccr]

Hola a todos estoy haciendo uso de un algoritmo de encriptacion MD5, para ello lo que hago es leer un archivo (ej txt o doc), para luego pasar a encriptar el archivo y finalmente grabarlo en otro archivo(ya encriptado).
Uso la siguiente logica:
//Con esto leo el archivo
archivo = new File(archivoRuta);
fr = new FileReader(archivo);
br = new BufferedReader(fr);
//Creo un archivo en donde estara el archivo encriptado
fichero = new FileWriter(ruta + "\\2" + jTextField2.getText());
pw = new PrintWriter(fichero);
//Aqui procedo a encriptar
String linea;
while ((linea = br.readLine()) != null) {
//Encryptando cada linea
String lineaEncrydtada = encryptarMD5(linea);
pw.println(lineaEncrydtada);//Aqui guardo la encriptacion que se hace linea a linea
}

//Uso para ello este metodo de encriptacion:
public static String encryptarMD5(String code) {
try {
MessageDigest md = MessageDigest.getInstance("MD5");
byte[] input = code.getBytes();
input = md.digest(input);
code = aHexadecimal(input);
return code;
} catch (Exception e) {
//en caso de error
e.printStackTrace();
return code;
}
}

Exite otro metodo para hacer la transformacion a Hexadecimal, pero por ahora no es importante, usando estos metodos para hacer la encriptacion, podrian por favor ayudarme a que este proceso sea mas rapido dado que este programa se usara para encriptar archivos pesados entre 2GB y 4GB.

Gracias de antemano.