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esto, es de la página de ayuda de adobe, se hace énfasis en la manipulación y pasos a tener en cuenta al trabajar con archivos flv.
Se menciona también que debes ajustar la velocidad de los fotogramas en los swf para que sean iguales a los del clip de vídeo, eso puede constituirse también en un problema si no lo haces.
Nos leemos.