Sí, se puede pero hay una forma más facil: date una vuelta por
http://www.k12ltsp.org . Es una distro (basada en RedHat) lista para usar como terminal server. La última versión está basada en RH8.0.
La segunda parte de tu pregunta (eso de las aplicaciones Windows) no la entendí. ¿Podrías explicarte un poco mejor?