Programa para poder escuchar pistas por separado

[Dhanielson]

Hola, la verdad que no veo ningun problema mas de lo que ya te has dado cuenta (el orden de reprod) de entrada te digo que lo mejor es una buena config de exportacion de audio en flash. En publish>settings.

http://www.keyframer.com/index.php/2009/01/28/flash-sound-sync-problem/
http://www.cristalab.com/tips/sincronizacion-de-sonido-en-flash-event-stream-etc-c31876l/
http://clearlytrained.com/blog/2009/03/02/adobe-flash-audio-problems-and-solutions/

Lo mejor que encontre pero desde ya me aventuraria a decirte que sin complicaciones hagas un preloader de todo y agreges diferentes capas en tu timeline y asi controlas todo sin que te arme un desastre aunque es tedioso va funcionar si o si.