Ya lo he conseguido, lo he hecho así:
echo "<SCRIPT language='JavaScript' type='text/javascript'>parent.document.getElementById('mensaj e').innerHTML = '* Prueba guardada correctamente en la B.D.'; parent.document.FR2.reset(); parent.document.FR2.valorcombo.value=parent.docume nt.FR1.usuarios.value; </SCRIPT>";
He puesto el contenido de la función en el innerHTML
¿No se si es la forma más correcta?, pero funciona