Wenas
Puedes crear un jar (pepe.jar) con las librerias que use ese applet y tus clases. Para llamarlo
Código:
<OBJECT blablabla>
<PARAM value=application/x-java-applet;version=1.5 name=type>
<PARAM value=pepe.jar name=ARCHIVE>
<PARAM value=tupaquete.Nombredetuclase.class name=code>
</object>
Suponiendo, claro esta, que el fichero pepe.jar esta en la misma ruta que tu jsp.
Saludos.