Yo lo abriría en Photoshop, lo convertiría ahí en escala de grises y lo volvería a salvar en Photoshop como PDF. Si tienes varias páginas en el PDF... no vas a poder hacerlas todas en escala de grises al mismo tiempo.
Tendrás que abrir página por página, convertirlas en grises y luego de salvarlas como PDF las podrás poner todas juntas en Acrobat.
No se me ocurre otra manera de hacer lo que quieres de una forma más fácil.
Saludos,
Sergio