Fijate en el archivo MANIFEST que esta dentro del JAR que generaste, debes ver algo como esto:
Código PHP:
Manifest-Version: 1.0
Ant-Version: Apache Ant 1.7.0
Created-By: 1.6.0-b105 (Sun Microsystems Inc.)
Main-Class: MiMain.Main
Class-Path: lib/mysql-connector-java-5.0.7-bin.jar
X-COMMENT: Main-Class will be added automatically by build
como se ve, la conexion con el driver se especifica en el archivo Manifest, en este caso el driver se encuentra en una carpeta "lib" junto al JAR de tu aplicacion
espero te sirva
