Lo que puedes hacer es crear una variable al final de foreach que guarde la información del check[0] y luego comparar al principio a ver si es diferente o igual.
Código PHP:
Ver original$variableAlFinalDelForeach = "";
foreach($permisos as $check){
if($check[0] == $variableAlFinalDelForeach){
//codigo aqui
}else{
//codigo aqui
}
$variableAlFinalDelForeach = $check[0];
}