URGENTE. Config.sys se borra WinME

[mauriziog]

Que tal a todos, tengo la siguiente situacion:

Tengo ejecutando una aplicacion DOS en WindowsME y para
que levante bien toda la aplicacion tengo que poner
algunas configuraciones para FILES y BUFFERS en el
config.sys. El problema es que cuando reinicio la maquina,
Windows esta creando un nuevo config.sys vacio y el que yo
he modificado me lo renombra con config.bak, y las
configuraciones nuevas no toman efecto.

Como puedo resolver esta situacion para que no cree un
nuevo config.sys al reiniciar la maquina.