Claro pero recuerda, debes decirle al navegador que debe interpretar ese codigo como php, tenes q abrir las etiuqetas <?php y cerrar con ?>, por que si no sera solo texto
Código PHP:
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<ul id="nav">
<?php
if(isset($_COOKIE['loggedin'])) {
echo '<a href="cerrar-sesion.php">Cerrar Sesion</a>';
} else {
echo '<a href="iniciar-sesion.php">Iniciar Sesion</a>';
}
?>
</ul>
<!-- main title -->