si tienes un hosting compartido intenta crear carpetas para cada dominio.
Código:
../dominioprincipal.com
archivos.php
imagenes/
sitio_dominio2.com/
sitio_dominio3.com/
sitio_dominioN.com/
index.php
etc...
Como puedes ver en el ejemplo que te muestro arriba, existe una carpeta raiz que contiene una página php y una carpeta de imágenes, y en adicional existen otras tres carpetas que tienen como prefijo 'sitio_', esta es una manera de ordenar las carpetas que representan otros dominios dentro de tu hosting principal, de esta manera tienes todos los archivos de otros dominios organizados.
Ahora bien, ya que tienes separados los archivos de los dominios en carpetas organizadas, debes de ir a el administrador de dominios del panel de tu hosting, o el domain manager, y desde ahi asignar las carpetas a los dominios correspondientes.
