No se a que te refieres con controlarlas desde fuera.
Lo que puedes hacer, es que cada vez que se visite la pagina que tiene el video incrustado, tu modifiques los parametros de width y height a los que tu necesites (ya sea leido de una base de datos o predefinidos. Esto podria quedar de la siguiente forma:
Código PHP:
Ver original<?php
//Sustituirias los valores por lo que necesites o por los que hayas leido de una base de datos
$Ancho=500;
$Alto=300;
//Se genera el codigo del objeto de flash con los valores anteriores de alto y ancho
echo ' <object width="'.$Ancho.'" height="'.$Alto.'"><param name="movie" value="http://www.youtube.com/v/J2zDyyIOYIU&hl=es_ES&fs=1&"></param><param name="allowFullScreen" value="true"></param><param name="allowscriptaccess" value="always"></param><embed src="http://www.youtube.com/v/J2zDyyIOYIU&hl=es_ES&fs=1&" type="application/x-shockwave-flash" allowscriptaccess="always" allowfullscreen="true" width="'.$Ancho.'" height="'.$Alto.'"></embed></object>
?>
Suerte!