A ver... Tenes varios directorios y en todos tenes los archivos header.php, footer.php y demas?
Porque en vez de tener varios directorios, no te haces 1 solo, con todas las funciones adentro, otro con todos los headers, footers y lo que sea adentro y despues te haces 1 pagina tipo "plantilla" en la que solo tengas los include() que necesitas siempre, total... despues la copias y reemplazas el nombre y listo
La otra forma es tener TODO en 1 sola pagina y hacer algo asi
Código PHP:
# varios includes
$seccion = $_GET['seccion'];
include("$seccion.php");
# otros varios includes
Y que todos los enlaces de tu pagina apunten a ella misma siempre, solo que cambiando, asi:
Código PHP:
<a href="index.php?seccion=contacto">Contacto</a>
Se entiende?