Cita: Tengo un campo número que es autonumérico.
El problema básico que tienes es que ese numero, al ser autonumérico, es
PK, y por default MySQL usara siempre el índice para devolver la consulta.
Por otro lado, como al ser PK, es también un índice agrupado (cluster), no solamente se usa como referencia:
también se usa para ordenar físicamente la tabla, con lo que el orden de entrada que tu le das deja de existir en el momento en que los registros se almacenan.
Si tuvieses la posibilidad de leer línea a línea la tabla, verías que el orden de los registros ya no es el orden de entrada... Sino el orden establecido en la PK.
La única forma de evitar el ordenamiento,a primera vista, es no crear una PK, y menos autonumérica, sino establecer un indice UNIQUE, posiblemente.