1. en terminos generales, eso nunca debe suceder. es decir, tecnicamente una funcion no afecta en nada al documento. ahora bien, depende que instrucciones tenga la funcion o que metodos nativos has de utilizar. por ejemplo, si se le da un valor a la propiedad scrollTop te cambia la posicion del documento. lo mismo si utilizas la funcion moveTo te reubica la ventana. y asi sucecivamente con otras funciones y propiedades.
a juzgar por tu segunda pregunta, me parece que te estas hablando acerca de AJAX en enlaces. si es el caso, supongo que los enlaces tienen como valor # en el atributo href. entonces, en este caso es normal que suceda asi si no cancelas el evento. en este caso, tienes que cancelar el evento onclick devolviendo false.
Código:
<a ... onclick='/* tus instrucciones */; return false;'>link</a>
2. no se contestarte esta pregunta. no se si te refieres a que tiene un retardo o si en lugar de traer el nuevo contenido esta leyendo de la cache. y ahora que lo mencionas, tambien tengo duda si XHR lee de la cache o si siempre realiza una peticion.