Los comentarios condicionales SÓLO LOS LEE IE. Los demás navegadores los interpretan como un comentario. Por lo cual, primero pones tu hoja de estilos principal «default.css» con todo el código CSS. Luego, si por ejemplo si IE6 interpreta mal el «magin-left» de una lista, lo que haces es colocar un comentario condicional debajo del link a «default.css», porque como sabemos CSS siempre considera la última propiedad escrita entre dos de la misma especificidad.
Quedaría algo así {como pusieron más arriba}:
Código HTML:
Ver original<link href="default.css" rel="stylesheet" type="text/css"> <!--[if IE 6]><link href="fuckingIE.css" rel="stylesheet" type="text/css"><![endif]-->
Entonces, siguiendo con el ejemplo, en «fuckingIE.css» lo único que haces es modificar el «margin-left» de esa lista, no hace falta que repitas todo el código.
Recuerda que puedes marcar específicamente qué versión quieres afectar con el comentario condicional, hay varios tutoriales al respecto, como este: http://www.disenorama.com/tutoriales/comentarios-condicionales-para-ie.
Espero que te sirva ¡saludos!