En verdad hay una forma mucho más sencilla de hacerlo. Lo más recomendable es hacer una hoja de estilos, e implementar en seguida un "corrector" para IE, el cual sería
además de la hoja original (Eso te permitiría no tener que hacer toda la página de nuevo, si no solo usar el segundo CSS para corregir lo que IE interpreta mal). Para esto, se haría el siguiente código en este orden:
Código HTML:
<link href="estilo-general.css" rel="stylesheet" type="text/css">
<!--[if IE]><link href="estilo-IE.css" rel="stylesheet" type="text/css"><![endif]-->
Ahora, si prefieres trabajar doble para asegurarte que lo de IE se quede solo en IE y lo demás por su lado, si existe un comentario condicional para cargar algo que no sea en IE, el cual se usa de la siguiente forma:
Código HTML:
<!--[if !IE]--><link href="estilo-general.css" rel="stylesheet" type="text/css"><!--[endif]-->
<!--[if IE]><link href="estilo-IE.css" rel="stylesheet" type="text/css"><![endif]-->
Es mucho mas práctico que usar PHP ya que no requiere ejecutarse desde el servidor, y mucho más efectivo que usar JS, ya que este último no serviría si está desactivado en el ordenador del usuario.
Espero te haya ayudado, mucha suerte