La comparación la estás haciendo bien, el problema es que el resultado de
wc te está arrojando el nombre del archivo.
Suponiendo
archivo.txt pasado como parámetro tiene 10 líneas, el valor de $A será "
10 archivo.txt", por ello tu validación falla: no son números enteros.
Entonces, prueba con:
Código Bash:
Ver originalA=$(wc -l $1 | awk '{print $1}')
# Más código ...
if [ $A -gt $B ]; then
# Más código ...
fi