mmmm, tal vez mi comentario no sea de ayuda, pero te recomiendo usar un confirm de javascript, es mas sencillo, rapido, "ligero", que añadir mas cositas a tu aplicación...
antes solia usar cositas como esas, para un gestor de contenido, pero finalmente conclui que lo mejor es usar lo básico...
Código PHP:
var respuesta=confirm('¿Desea eliminar?');
if (respuesta){
/*procedimientos para eliminar*/
}