Yo he encontrado algo de ifnormación en español, que es la siguiente:
http://sites.google.com/site/flaviod...pple/jrootpane
Aunque todavia no he encontrado la suficiente información de por que sucede este hecho y como solucionarlo.
Para hacer eso debo de colocar lo que es JProgressBar dentr del Cristal o donde hay que colocarlo, para que no muestre la ventana o frame transparente mientras se ejecuta algo en segundo plano.
O es mejor crear un Thread, que haga el trabajo por debejo y el programa principal que dibuje lo que es la progress bar.
Un Saludo!