HackmanC , a verdad es que ... me he quedado un poco igual con tu contestación pero gracias de todas formas
.
Lo que está claro es que es el java el que no está reconociendo la i con tilde puesto que es él el que saca los numeros ASCII.
Lo curioso y lo que sigo sin encontrarle explicación es que si el jar lo ejecuto desde consola con usuario root sí que saca el ASCII correcto de la i con tilde , en cambio si lo ejecuta el php no.
¿Qué usuario es el que lanza el jar desde el php?¿El que está logado en la máquina por defecto? ¿Puede ser por eso?
Gracias y saludos