Es que tenes que hallar un patron para eso, encontrarle una logica... No es que "un experto en funciones" te va a hacer magia y resolverlo.
Porque simplemente no pasas a codigo las afirmaciones que haces aqui?
Código PHP:
$orden[0]="0_0_0"; --> Como no existe el elemento "0" o el "0_0" este el n 0.
$orden[1]="0_1_0"; --> Como no existe el elemento "0" o el "0_1" este el n 1.
$orden[2]="1_0_0"; --> Como no existe el elemento "1" o el "1_0" este el n 2.
$orden[3]="2"; --> Este el n 3.
$orden[4]="2_0_5"; --> Como existe el elemento "2" este es el n 3.1.
$orden[5]="2_0_6"; --> Como existe el elemento "2" este es el n 3.2.
$orden[6]="5"; --> Este es el n 4.
$orden[7]="5_2"; --> Como existe el elemento "5" este es el n 4,1.